הפתרון הכולל של המעבדה למיקרוביולוגיה שונה מהנדסת מעבדה כללית או מהנדסת טיהור לפי דרישות הבטיחות ודרישות השימוש של המעבדה.מעבדות המשמשות בעיקר במיקרוביולוגיה, ביו-רפואה, ביוכימיה, ניסויים בבעלי חיים, רקומבינציה גנטית ומוצרים ביולוגיים מכונות ביחד מעבדות ביו-בטיחות.מעבדת הבטיחות הביולוגית מורכבת ממעבדת תפקוד המעבדה הראשית וממעבדות נוספות וחדרי אירועים נלווים.מעבדות ביו-בטיחות חייבות להבטיח בטיחות אישית, בטיחות סביבתית, בטיחות פסולת ובטיחות דגימות, פעולה ארוכת טווח ובטוחה, ובמקביל לספק סביבת עבודה נוחה וטובה לצוות המעבדה.
במעבדה למיקרוביולוגיה חדר בדיקות חיידקים מקומי בן 100 רמות, חדר בדיקות פטריות, חדר בדיקות פתוגניות, חדר כביסה וחיטוי, חדר תרבית עובש, חדר תרבית חיידקים וחדר זיהוי מכשירים למיקרואורגניזמים, הכנת מצע תרבית. חדר, חדר שימור זנים.